La UNaM como organismo público está alcanzada por distintos tipos de escrutinio sobre sus tareas, desempeños y procesos. Los fondos recibidos del Gobierno nacional y los recursos generados por la propia Universidad son auditados regularmente a través de tres mecanismos: la Auditoría General de la Nación (AGN), la Unidad de Auditoría Interna de la Universidad que realiza la revisión constante de los procesos administrativos y financieros; y la rendición de gastos específicos de programas financiados con fondos nacionales.

Además, desde noviembre de 2023, la UNaM ha reforzado estas acciones a través de un Convenio con la Sindicatura General de la Nación (SIGEN). A continuación se ponen a disposición los Planes Anuales e Informes de Auditoría Interna.".