La Junta Electoral de la Universidad Nacional de Misiones, máxima autoridad de todo acto comicial institucional en su ámbito, está compuesta por 3 (tres) miembros titulares y 3 (tres) miembros suplentes. Sus miembros son nombrados por el Consejo Superior de entre los candidatos propuestos por los Consejos Directivos de cada Facultad de modo que queden representadas todas las regionales.

Todas sus decisiones se toman por mayoría simple de votos de sus miembros y son susceptibles de recurso de revocatoria ante la misma Junta con apelación subsidiaria ante el Consejo Superior.

Sus integrantes no podrán auspiciar fórmulas de candidatos, ni listas que se presenten, como tampoco integrar ninguna de ellas como candidatos, apoderados o fiscales, ni ser autoridad de mesas receptoras de votos. Asimismo, deberán abstenerse de manifestarse públicamente a favor o en contra de cualquier lista o candidato, o participar en reuniones o acciones relacionadas con la organización de listas o fórmulas.