El trabajo de la Secretaría General Académica está vinculado principalmente a la actividad de los docentes de la Universidad Nacional de Misiones (UNaM), destacándose la carrera docente, la investigación, la extensión, la docencia y la gestión.

Entre sus funciones principales figuran el asesoramiento en gestión académica a cada una de las Facultades sobre temas como concursos docentes, diseño y modificación de planes de estudio. Además, es responsable de la presentación ante la CONEAU de los planes de carreras de posgrado en sus tres categorías: Especialización, Maestría y Doctorado. Y del respectivo seguimiento para las correspondientes acreditaciones y su consecuente emisión de Resoluciones Ministeriales.

La Secretaría se ocupa asimismo de las emisiones de títulos de toda la universidad, así como de las certificaciones de actividades de los docentes.

Por otro lado, lleva adelante tareas articuladas con el Ministerio de Educación de la Nación, la Secretaría de Políticas Universitarias, la Dirección Nacional de Gestión y Fiscalización Universitaria (DNGU) y organismos provinciales.