La Secretaría General de Ciencia y Tecnología de la Universidad Nacional de Misiones en forma conjunta con la Sec. de Investigación y Posgrado de la FAyD, la Sec. de Investigación de la FCE, la Sec. de Investigación y Posgrado de la FHyCS, la Sec. de Investigación y Posgrado de la FCEQyN, la Sec. de Investigación de la FI y la Sec. de Investigación y Posgrado de la FCF convocan anualmente a la presentación de:

• Proyectos y Trabajos de Investigación: convocatoria anual con fecha de inicio y cierre.
• Proyectos con Financiamiento Externo: convocatoria anual permanente.
• Proyectos de Desarrollo Tecnológico Sociales: convocatoria anual permanente.
• Trabajos de Investigación: convocatoria anual permanente.
• Programas de I+D: convocatoria anual permanente.

Todas las actividades deben seguir los lineamientos generales establecidos por la reglamentación vigente (Ordenanza 082/16). 

La Secretaría General de Ciencia y Tecnología de la Universidad Nacional de Misiones establece en su Plan Estratégico a través de la Comisión Asesora de Ciencia y Tecnología los Temas de Desarrollo Estratégico para la UNaM los cuales son abordados de manera institucional de manera conjunta por todas las Unidades Académicas. 

De igual manera anualmente se establecen dentro de las convocatorias la presentación de Proyectos de Investigación en Temas Estratégicos enmarcados en Líneas Estratégicas definidas por cada Facultad y de acuerdo a los lineamientos generales establecidos por la reglamentación vigente (Ordenanza 082/16).

Los Proyectos y Trabajos de Investigación de la Universidad Nacional de Misiones permiten la participación de estudiantes de grado y posgrado de las diferentes carreras de la Universidad con actividades que facilitan su inserción en las actividades de ciencia y tecnología, y de esta manera le permiten tener una visión integrada del sistema científico tecnológico en donde las universidades desempeñan una labor de gran importancia a la hora de generar conocimiento que sustente el desarrollo científico del país. Estas actividades constituyen una parte sustantiva de la formación del estudiante permitiéndole ampliar su experiencia universitaria con la mirada de la investigación y el desarrollo tecnológico-social. El Programa Estratégico de Becas de Ciencia y Tecnología de la UNaM (Ord. 080/16) está destinado a la inclusión de estudiantes de grado o pregrado, que no hayan tenido anteriormente una beca de investigación de la UNaM, en proyectos y trabajos de investigación con Becas de Estímulo a la Iniciación en Ciencia y Tecnología (Becas EICyT). 

Anualmente se establecen llamados a becas EICyT enmarcadas en los proyectos y trabajos de I+D acreditados en las diferentes Unidades Académicas.