La Secretaría trabaja mancomunadamente con las autoridades de todas las unidades académicas para lograr implementar la nueva plataforma del Sistema SIU-Guaraní. Para ello, la Rectora ha constituido una Comisión de Implementación, en dependencia directa del Vicerrector, conformada por personal de la Secretaría, del área Sistemas de Rectorado, autoridades de las unidades académicas, personal nodocente encargado de utilizar el sistema como herramienta en su sector de trabajo y personal nodocente responsable de los aspectos técnico-informáticos de cada Facultad.
Al momento, el Proyecto se encuentra en distintas etapas del proceso de implementación, acorde a la dinámica y relevancia de cada unidad académica. El trabajo se desarrolla siempre en conjunto como Comisión, estableciendo objetivos, aunando criterios, realizando pruebas de consolidación de dato, capacitando al personal por medio de las propuestas elaboradas por el Sistema de Información Universitaria (SIU) o resolviendo cuestiones in situ cuando es requerido.