La Secretaría General Académica está compuesta por diversas áreas, entre ellas se encuentra Carrera Docente, Diplomas y Legalizaciones, Desarrollo Curricular, Educación a Distancia, Programas Especiales, Mesa de Entrada, Salida y Archivo de Documentaciones, Estadísticas; como así también vinculadas a la articulación y trabajo colaborativo con las unidades académicas y escuelas en lo referido a las designaciones y ampliaciones de dicaciones de docentes regulares, coordinación de acciones vinculadas el sistema de educación a distancia, programas de inclusión educativa, diseños curriculares, áreas de alumnado y diplomas de la Universidad Nacional de Misiones (UNaM).

Asimismo, es la responsable de vincular y asesorar a las unidades académicas en los procesos de acreditación y presentación frente a Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria (CONEAU) y el envío de la correspondiente de documentación vía el Sistema de Trámites a Distancia (TAD), de los planes de carreras de grado establecidas como del artículo 43 de la Ley de Educación Superior N° 24.521 y de posgrado (Especialización, Maestría y Doctorado). El seguimiento hasta la obtención de la resolución ministerial de validez y reconocimiento nacional del título. En cuanto al Área de Títulos y Legalizaciones se realizan las emisión y certificación de los diplomas de toda la universidad, y certificaciones de actividades de los docentes.

Por otro lado, esta secretaría al trabajar con las diferentes dependencias y pos de la implementación de las políticas educativas nacionales lleva adelante tareas articuladas con la Secretaría de Educación de la Nación, la Secretaría de Políticas Universitarias, la Dirección Nacional de Gestión Universitaria (DNGU) y organismos provinciales, según las convocatorias que estos organismos implementen.